Samorost 3 có cách chơi tương tự như các trò chơi trước của Amanita Design. Trò chơi không bao gồm các đoạn đối thoại, chỉ có một hệ thống các hình ảnh hoạt hình thông qua những bong bóng và các âm thanh vô nghĩa. Người chơi điều khiển Gnome (Thần lùn) trên cuộc phiêu lưu của mình qua một vũ trụ đầy các hành tinh, được trang bị với một túi đồ và một cây sáo. Gnome khám phá môi trường xung quanh, giải các câu đố và thu thập các dụng cụ cần thiết để vượt qua những câu đố gặp phải trong quá trình chơi. Nó cũng có thể giao tiếp với các sinh vật mà nó gặp trong hành trình của mình. Những nhân vật này bao gồm những hồn ma cần sự giúp đỡ của Gnome. Người chơi cũng có thể sử dụng cây sáo khi cần thiết để giải một vài câu đố.

Samorost 3 có một phần hướng dẫn có thể được sử dụng bất cứ lúc nào bằng cách chơi một trò chơi nhỏ khi người chơi gặp khó khăn. Phần hướng dẫn không được viết hay nói, thay vào đó là một chuỗi các hình phác họa thể hiện câu đố và cách giải.